Buvod.gif (2306 bytes)

Vyšetřování iontů a substrátů v biologickém materiálu bylo následováno velkým rozvojem proteinové a enzymové diagnostiky. V současnosti jsme svědky expanze DNA a RNA diagnostiky a rozsáhlých možností její aplikace v humánní a veterinární medicíně. Nejen lepší porozumění podstatě onemocnění, ale také převratné diagnostické a terapeutické důsledky jsou výsledkem aplikace technik molekulární biologie v diagnostice infekčních virových, bakteriálních, mykotických a parazitárních onemocnění, v prenatální a postnatální diagnostice dědičných chorob s mendelovskou i nemendelovskou dědičností, v diagnostice nádorových chorob a v identifikaci (DNA typizaci) osob pro účely transplantační nebo forenzní. DNA a RNA diagnostika vyžaduje nový způsob myšlení i práce. Schopnost detekovat několik málo molekul sledované látky patřila vždy ke snům a cílům chemiků analytiků. Dnes je možné měřit několik kopií některé DNA sekvence lidského genomu amplifikací například pomocí PCR. I pro ty, kteří pracovali s velmi citlivými metodami a měřili množství v pikomolech a attomolech (10 -18 mol, tj. 602 252 molekul), jsou chemické testy pro nukleové kyseliny skokem v analytickém myšlení ve smyslu množství. Jedná se o překlenutí propasti mezi attomoly a dvěma molekulami. Pro tyto účely byly zavedeny dvě nové jednotky pojmenované zeptomol (10 -21 mol) a yoctomol (10 -24 mol). Samozřejmě, že neexistuje 1 yoctomol, protože sama Avogadrova konstanta je 6,023 x 10 23 , takže 1 molekula má hodnotu 1,7 yoctomol. Právě tyto jednotky jsou potřebné pro rozsah měření používaný při PCR. Byl také vytvořen termín PCR mentalita popisující nutnou změnu ve stylu myšlení při práci v oblasti analytiky nukleových kyselin. PCR je proces, kdy z několika málo kopií jedné molekuly (sekvence nukleotidů) získáme milion i více násobek. Příprava vzorku je kritickým bodem. Je nutno zajistit, aby amplifikovaná molekula byla právě jen ta sledovaná a nikoliv jiná, zavlečená do reakce náhodně. Opakovatelnost a kontrola kvality (positivní a negativní kontroly) jsou základními podmínkami DNA a RNA analýzy.

Od roku 1869, kdy Miescher poprvé izoloval nukleovou kyselinu z bílých krvinek obsažených v hnisu, dosáhla biochemie supramolekulárních látek mimořádného pokroku. Nukleové kyseliny představují molekuly, které se stávají důležitým cílem laboratorní analýzy. Z tohoto důvodu klinické (servisní a výzkumné) laboratoře potřebují jednoduché a spolehlivé analytické metody.

Analytické postupy v molekulární biologii obecně používají metody centrifugační, metody extrakce a purifikace DNA (RNA), elektroforetické, hybridizační a amplifikační metody. Tyto metody se v praxi vzájemně překrývají. Nástrojem těchto metod jsou enzymy, jejichž biologické funkce jsou použity pro specifické reakce in vitro (orientačně viz tabulka na následující straně). Základní zvláštní přístrojové vybavení klinické molekulárně biologické laboratoře tvoří např. chlazená centrifuga, termocyklery, termostat, vany pro horizontální agarosovou a vertikální polyakrylamidovou elektroforézu, zdroj napětí, UV transiluminátor, fotografická kamera, hybridizační pece, sušička gelů, izotopové pracoviště.

Enzym

Funkce

Hlavní použití

Alkalická fosfatasa

defosforyluje DNA a RNA na 5´ konci

prevence samovolné ligace

DNA ligasa

katalyzuje vazbu dvou molekul DNA

ligace DNA molekul

DNA polymerasa I

syntetizuje dsDNA na templátu jednovláknové DNA, má obě exonukleasové aktivity

syntéza ds cDNA, „nick translace“ (značení DNA radiozotopy metodou posunu zlomu)

DNasa I

odštěpuje nukleotidy z DNA zaváděním zlomů

„nick translace“, mutagenesa

Exonukleasa III

odštěpuje nukleotidy na 3´ konci DNA

sekvenování DNA, k vytváření delecí

l exonukleasa

odštěpuje nukleotidy na 5´ konci DNA

sekvenování DNA

Exonukleasa Bal31

odštěpuje nukleotidy na obou koncích DNA

progresivní zkracování DNA, k vytváření delecí

Terminální transferasa

přidává nukleotidy na 3´ konci DNA

syntéza homopolymerního konce

S1 nukleasa

štěpí jednovláknovou DNA na nukleotidy

odstranění smyček vznikajících při syntéze cDNA

Polynukleotid kinasa

přenáší fosfát z ATP na DNA nebo RNA

značení DNA nebo RNA izotopem 32P

Reversní transkriptasa

syntetizuje DNA na templátu RNA

syntéza cDNA z mRNA

Restrikční endonukleasa (typ II)

štěpí DNA podle specifické sekvence nukleotidů

restrikční analýza, tvorba rekombinantní DNA

Taq polymerasa (termostabilní)

syntetizuje dsDNA z jednovláknové DNA

polymerázová řetězová reakce

T4 DNA polymerasa

syntetizuje dsDNA, 3´ exonukleasová aktivita

značení DNA fragmentů výměnnou syntézou na 3´konci